I would like to install SAM tools in linux system, zlib and ncurses had been installed before successfully, however, when type "make", I got wrong information below:
make[1]: Entering directory `/home/flsun/samtools-0.1.6'
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bgzf.c -o bgzf.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 kstring.c -o kstring.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_aux.c -o bam_aux.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam.c -o bam.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_import.c -o bam_import.o
bam_import.c: In function â__bam_get_linesâ:
bam_import.c:75: warning: implicit declaration of function âgzopen64â
bam_import.c:75: warning: pointer/integer type mismatch in conditional expression
bam_import.c: In function âsam_header_read2â:
bam_import.c:125: warning: pointer/integer type mismatch in conditional expression
bam_import.c: In function âsam_openâ:
bam_import.c:502: warning: pointer/integer type mismatch in conditional expression
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 sam.c -o sam.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_index.c -o bam_index.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_pileup.c -o bam_pileup.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_lpileup.c -o bam_lpileup.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_md.c -o bam_md.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 glf.c -o glf.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 razf.c -o razf.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 faidx.c -o faidx.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 knetfile.c -o knetfile.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_sort.c -o bam_sort.o
ar -cru libbam.a bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o bam_sort.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_tview.c -o bam_tview.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_maqcns.c -o bam_maqcns.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_plcmd.c -o bam_plcmd.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 sam_view.c -o sam_view.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_rmdup.c -o bam_rmdup.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_rmdupse.c -o bam_rmdupse.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_mate.c -o bam_mate.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_stat.c -o bam_stat.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_color.c -o bam_color.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bamtk.c -o bamtk.o
gcc -g -Wall -O2 -o samtools bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o bamtk.o -lm -lcurses -lz -L. -lbam
./libbam.a(bam_import.o): In function `sam_open':
/home/flsun/samtools-0.1.6/bam_import.c:502: undefined reference to `gzopen64'
./libbam.a(bam_import.o): In function `__bam_get_lines':
/home/flsun/samtools-0.1.6/bam_import.c:75: undefined reference to `gzopen64'
./libbam.a(bam_import.o): In function `sam_header_read2':
/home/flsun/samtools-0.1.6/bam_import.c:125: undefined reference to `gzopen64'
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [samtools] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/flsun/samtools-0.1.6'
make: *** [all-recur] Error 1
I am a new user, I'd like to please everyone to help me
make[1]: Entering directory `/home/flsun/samtools-0.1.6'
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bgzf.c -o bgzf.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 kstring.c -o kstring.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_aux.c -o bam_aux.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam.c -o bam.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_import.c -o bam_import.o
bam_import.c: In function â__bam_get_linesâ:
bam_import.c:75: warning: implicit declaration of function âgzopen64â
bam_import.c:75: warning: pointer/integer type mismatch in conditional expression
bam_import.c: In function âsam_header_read2â:
bam_import.c:125: warning: pointer/integer type mismatch in conditional expression
bam_import.c: In function âsam_openâ:
bam_import.c:502: warning: pointer/integer type mismatch in conditional expression
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 sam.c -o sam.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_index.c -o bam_index.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_pileup.c -o bam_pileup.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_lpileup.c -o bam_lpileup.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_md.c -o bam_md.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 glf.c -o glf.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 razf.c -o razf.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 faidx.c -o faidx.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 knetfile.c -o knetfile.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_sort.c -o bam_sort.o
ar -cru libbam.a bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o bam_sort.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_tview.c -o bam_tview.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_maqcns.c -o bam_maqcns.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_plcmd.c -o bam_plcmd.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 sam_view.c -o sam_view.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_rmdup.c -o bam_rmdup.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_rmdupse.c -o bam_rmdupse.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_mate.c -o bam_mate.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_stat.c -o bam_stat.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bam_color.c -o bam_color.o
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 bamtk.c -o bamtk.o
gcc -g -Wall -O2 -o samtools bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o bamtk.o -lm -lcurses -lz -L. -lbam
./libbam.a(bam_import.o): In function `sam_open':
/home/flsun/samtools-0.1.6/bam_import.c:502: undefined reference to `gzopen64'
./libbam.a(bam_import.o): In function `__bam_get_lines':
/home/flsun/samtools-0.1.6/bam_import.c:75: undefined reference to `gzopen64'
./libbam.a(bam_import.o): In function `sam_header_read2':
/home/flsun/samtools-0.1.6/bam_import.c:125: undefined reference to `gzopen64'
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [samtools] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/flsun/samtools-0.1.6'
make: *** [all-recur] Error 1
I am a new user, I'd like to please everyone to help me
Comment