Hi!
I aligned my data with STAR, using UCSC genome and a GENCODE gtf specific for lnRNAs. Now, I am trying to produce differential expression data with cuffdiff, but it doesn't work. The process stucks and gives me this message:
line 14: 846 Segmentation fault
My command line:
/dados/raks/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/cuffdiff -o /dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/diff_out_GENosteo -b /dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/hg19.fa -p 6 -L CTOS,DFOS -u /dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/merged_asm_GENosteo/merged.gtf /dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490277_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490278_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490279_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490309_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490310_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490311_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam /dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490305_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490306_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490307_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490337_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490338_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam
I aligned my data with STAR, using UCSC genome and a GENCODE gtf specific for lnRNAs. Now, I am trying to produce differential expression data with cuffdiff, but it doesn't work. The process stucks and gives me this message:
line 14: 846 Segmentation fault
My command line:
/dados/raks/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/cuffdiff -o /dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/diff_out_GENosteo -b /dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/hg19.fa -p 6 -L CTOS,DFOS -u /dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/merged_asm_GENosteo/merged.gtf /dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490277_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490278_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490279_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490309_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490310_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490311_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam /dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490305_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490306_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490307_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490337_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam,/dados/raks/MSCs/Alinhamento_STAR/UCSC_STA_ESPEFÍCICO/2gencode/gencode_lncRNA/SRR490338_output2.fastqAligned.sortedByCoord.out.bam