Hi everyone. I am using the PAGIT software in order to generate a final contig from my scaffolds. When trying to use IMAGE to close gaps this messages pops up and we get no further. Anyone of you could figure out what is happening and what am I possibly doing wrong?
root@lgmmicrorganismo-To-be-filled-by-O-E-M:/home/lgmmicrorganismo/Programas_Análise/PAGIT/PAGIT/IMAGE# perl image.pl -scaffolds /home/lgmmicrorganismo/Projeto_Cviolaceum/runabacas2/runImage/mappunmapp.fasta -prefix /home/lgmmicrorganismo/Projeto_Cviolaceum/runabacas2/runImage/Bac5_S5_L001_R2_001.fastq /home/lgmmicrorganismo/Projeto_Cviolaceum/runabacas2/runImage/Bac5_S5_L001_R2_001.fastq -iteration 1 -all_iteration 9 -dir_prefix ite -kmer 55
mv: impossível obter estado de “/home/lgmmicrorganismo/Projeto_Cviolaceum/runabacas2/runImage/mappunmapp.fasta”: Arquivo ou diretório não encontrado
Can't exec "/get_fasta_containNs_toIMAGE_format.pl": Arquivo ou diretório não encontrado at image.pl line 169.
ln: falhou ao criar link simbólico “read.placed.original”: Arquivo existe
ln: falhou ao criar link simbólico “contigs.fa.original”: Arquivo existe
------------------------------------------------
IMAGE parameters
Process ID = 3817
directory prefix = ite
reference = contigs.fa
solexa_prefix = /home/lgmmicrorganismo/Projeto_Cviolaceum/runabacas2/runImage/Bac5_S5_L001_R2_001.fastq
insert size = 600
toignore = 10
overhang = 50
velvet ins_len = 500
velvet kmer = 55
current iteration = 1
iteration left = 9
------------------------------------------------
WHAT DID I JUST DO (compulsory parameters) :
checking all the paths..
/ssaha2 path not found!
root@lgmmicrorganismo-To-be-filled-by-O-E-M:/home/lgmmicrorganismo/Programas_Análise/PAGIT/PAGIT/IMAGE# perl image.pl -scaffolds /home/lgmmicrorganismo/Projeto_Cviolaceum/runabacas2/runImage/mappunmapp.fasta -prefix /home/lgmmicrorganismo/Projeto_Cviolaceum/runabacas2/runImage/Bac5_S5_L001_R2_001.fastq /home/lgmmicrorganismo/Projeto_Cviolaceum/runabacas2/runImage/Bac5_S5_L001_R2_001.fastq -iteration 1 -all_iteration 9 -dir_prefix ite -kmer 55
mv: impossível obter estado de “/home/lgmmicrorganismo/Projeto_Cviolaceum/runabacas2/runImage/mappunmapp.fasta”: Arquivo ou diretório não encontrado
Can't exec "/get_fasta_containNs_toIMAGE_format.pl": Arquivo ou diretório não encontrado at image.pl line 169.
ln: falhou ao criar link simbólico “read.placed.original”: Arquivo existe
ln: falhou ao criar link simbólico “contigs.fa.original”: Arquivo existe
------------------------------------------------
IMAGE parameters
Process ID = 3817
directory prefix = ite
reference = contigs.fa
solexa_prefix = /home/lgmmicrorganismo/Projeto_Cviolaceum/runabacas2/runImage/Bac5_S5_L001_R2_001.fastq
insert size = 600
toignore = 10
overhang = 50
velvet ins_len = 500
velvet kmer = 55
current iteration = 1
iteration left = 9
------------------------------------------------
WHAT DID I JUST DO (compulsory parameters) :
checking all the paths..
/ssaha2 path not found!