Hi all,
Is any body know what's the the flag means in the SAM file.
The Flag I got looks different with the SAM manual.
Thanks!
Here is a sample of my sam file.
HWI-EAS283:8:1:1:695#0 69 * 0 0 * * 0 0 NACAAGGCATTGTTGTTGCTATCATTGCTTGCAAGCAGGAATNGCTAATGGAAGACTTCTTTTTTTTTGTGTACTT %/:56465,577-91-265//:######################################################
HWI-EAS283:8:1:1:695#0 133 * 0 0 * * 0 0 AAANCGCTACGTAATGATTGCAGTGAGCACAGAGCGCCCTACTGCACTCCAGCCTGGGAAACAGAGCGCGATTCCG ############################################################################
HWI-EAS283:8:1:1:749#0 99 chr7 91549950 37 76M = 91550245 354 NACCTATCTTAATTACGTTTCAAAGTATATACTCTTTTATAANAAATGAGCTCCATAACTTAAAAGCTAGATAACA %0:<;;9::7779<;;99979707999;::9:;::9:<<75.%*5789197978599################### XT:A:U NM:i:3 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0T41C31A1
HWI-EAS283:8:1:1:749#0 147 chr7 91550245 37 17S59M = 91549950 -354 ATTGTGTTAGACCGTGAGTCCATAAAAATATATAGAGGTAATCTGTGGGCGTTTAGTAAATGGTGGTCCTACNACT #####################################################################B6>%42B XT:A:M NM:i:12 SM:i:37 AM:i:37 XM:i:12 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2A4C9T1T4A5A6C0T0G5T1T0T6T3
HWI-EAS283:8:1:1:1047#0 69 * 0 0 * * 0 0 NTTTTTTGTTCCTTTTTTTTCAAGAGGCCAGAGGCAGAGGCCNTTGTCATTTTCTGTGTGTCCAGGTAATTGCGTA %1:::98789:::999:::::985226#################################################
HWI-EAS283:8:1:1:1047#0 133 * 0 0 * * 0 0 ACCNCGCCTGCCGAGTTTTTCCTTTCTATATTCTTAGTCGTTAAGAATGTTCTATCATGTTGTAATTTTTGTAGTC 0###########################################################################
Is any body know what's the the flag means in the SAM file.
The Flag I got looks different with the SAM manual.
Thanks!
Here is a sample of my sam file.
HWI-EAS283:8:1:1:695#0 69 * 0 0 * * 0 0 NACAAGGCATTGTTGTTGCTATCATTGCTTGCAAGCAGGAATNGCTAATGGAAGACTTCTTTTTTTTTGTGTACTT %/:56465,577-91-265//:######################################################
HWI-EAS283:8:1:1:695#0 133 * 0 0 * * 0 0 AAANCGCTACGTAATGATTGCAGTGAGCACAGAGCGCCCTACTGCACTCCAGCCTGGGAAACAGAGCGCGATTCCG ############################################################################
HWI-EAS283:8:1:1:749#0 99 chr7 91549950 37 76M = 91550245 354 NACCTATCTTAATTACGTTTCAAAGTATATACTCTTTTATAANAAATGAGCTCCATAACTTAAAAGCTAGATAACA %0:<;;9::7779<;;99979707999;::9:;::9:<<75.%*5789197978599################### XT:A:U NM:i:3 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0T41C31A1
HWI-EAS283:8:1:1:749#0 147 chr7 91550245 37 17S59M = 91549950 -354 ATTGTGTTAGACCGTGAGTCCATAAAAATATATAGAGGTAATCTGTGGGCGTTTAGTAAATGGTGGTCCTACNACT #####################################################################B6>%42B XT:A:M NM:i:12 SM:i:37 AM:i:37 XM:i:12 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2A4C9T1T4A5A6C0T0G5T1T0T6T3
HWI-EAS283:8:1:1:1047#0 69 * 0 0 * * 0 0 NTTTTTTGTTCCTTTTTTTTCAAGAGGCCAGAGGCAGAGGCCNTTGTCATTTTCTGTGTGTCCAGGTAATTGCGTA %1:::98789:::999:::::985226#################################################
HWI-EAS283:8:1:1:1047#0 133 * 0 0 * * 0 0 ACCNCGCCTGCCGAGTTTTTCCTTTCTATATTCTTAGTCGTTAAGAATGTTCTATCATGTTGTAATTTTTGTAGTC 0###########################################################################
Comment