Tweet
Hello Im Anneke Bakelaar
Im a student bio-informatics at HS leiden. I'll work on RNA-seq data and i''ll get target genes.
Im a student bio-informatics at HS leiden. I'll work on RNA-seq data and i''ll get target genes.
-
-
Hi Anneke,
where do you work with RNA seq data? I've studied at HS Leiden too, and I am working at a company in Leiden Bio science park called BaseClear (just couple of blocks from your school
).
Marten -
hey marten,
Ik loop nu stage aan het lumc, daar ben ik bezig met RNA-seq data te analyseren. het is best lastig En bevalt je werkplek bij baseclear en waar werk jij dan aan?
groetjes annekeComment
-
Hoi Anneke,
Aha, en onder welke groep van het LUMC? Ik heb namelijk ook daar stage gelopen onder begeleiding van Judith Boer en ook later part-time gewerkt onder Johan den Dunnen.
ja bevalt me prima, ik heb hiervoor al stage gelopen bij Baseclear tijdens mijn Master op Univ Leiden. Ik werk eigenlijk aan alles op het gebied van Next-Generation, dus daar hoort onder andere ook RNA-seq bij. Hiervoor gebruiken wij CLCBio.
Zit Marja nog bij de bioinformatica opleiding op HS Leiden?
Groet,
Marten
Originally posted by abakelaar View Posthey marten,
Ik loop nu stage aan het lumc, daar ben ik bezig met RNA-seq data te analyseren. het is best lastig En bevalt je werkplek bij baseclear en waar werk jij dan aan?
groetjes annekeComment
-
Ik loop stage voor Kees Tensen afdeling huid. dus dat is niet echt een bio-informatica afdeling maar ik word goed geholpen door de afdeling lgtc, waar Johan den Dunnen volgens mij ook werkt.
Marja is er ook nog steeds als laatste van de oude garde de rest is allemaal weg. Dus er is een hoop aan het veranderen op de opleiding.
Nou als ik nog vragen heb kan ik het mischien wel aan jou vragen als jij dat goed vind.
gr AnnekeComment
-
Hmmm dat zegt me niet zo veel, is ook al een tijd geleden dat ik er heb gezeten ik werkte inderdaad bij LGTC, afdeling humane genetica, dat is wat meer bioinformatica gericht.
Ik zat bij de eerste groep studenten die de opleiding volgde op HS Leiden, sindsdien is er zeker veel veranderd. Marja is volgens mij nog de enige ja.
Ja tuurlijk mag je me vragen stellen, no problem
succes!
Marten
Originally posted by abakelaar View PostComment
-
Love this - good data definitely starts from good input, and poor input can only give relatively poor data. I particularly like the mention of Nanodrop/absorbance based methods for quantification. It's such a toss up if you'll get an accurate reading or what amounts to a randomly generated number, and a lot of library/sequencing related issues can be traced back to poor quant.07-01-2026, 11:43 AM
-
I’m not a sequencing expert. I’m a purification scientist who uses NGS to evaluate workflows my group develops. With this perspective, we think about the sample first and the NGS workflow second. The sequencer is an exceptionally honest reporter, but it can only report on what you give it, so whether you get clean, interpretable data from an NGS workflow is largely determined before you begin.
Here are nine questions we think about, in roughly the order they matter, before...
Comment